Este período es el comprendido durante la presencia y dominación española en nuestros territorios; el término "Colonial" hace referencia al sistema colonizador implantado por una potencia conquistadora y vencedora en un territorio regido, antes del enfrentamiento, por un grupo humano diverso, que al quedar vencido, queda subyugado y dominado. El término "Virreinal" hace alusión al sistema político y administrativo de carácter monárquico, implantado por los conquistadores quienes en España estaban gobernados por el Rey y que en los territorios de Ultramar establecieron una división territorial regida por los Virreyes; dentro de los Virreinatos se encontraban las Reales Audiencias y las Capitanías Generales.

El término "Hispano" simplemente hace referencia a la supremacía socio-política-económica de los españoles o hispanos, vale recordar que después del descubrimiento del Nuevo Mundo, el título del Rey de España era "Hispaniarum et Indiarum Rex" (Rey de las Españas y de las Indias).

La época colonial, es un período de grandes debates; para los historiadores conservadores fue una época de estabilidad, de implantación de la cristiandad y de civilización; para los tratadistas liberales, en cambio, fue una de oscurantismo,  opresión y atraso.

El llamado "descubrimiento" de América en 1492, marca el inicio del contacto entre dos mundos distintos y en el Nuevo Mundo se implanta el hecho colonizador, América se convirtió en una dependencia de la metrópoli y se interrumpió el proceso de las sociedades indígenas que quedaron absolutamente subyugadas. La búsqueda de oro y especias motivó la expansión geográfica europea y tras el encuentro de seres "infieles", se inició un proceso de evangelización y cristianización, la cual, lejos de ser liberadora, se convirtió en una fuerza avasalladora.

España y Portugal se disputaban el monopolio mundial de los descubrimientos geográficos hasta que la negociación culminó con el Tratado de Tordesillas el 7 de junio de 1494.

Los poderosos imperios americanos cayeron no sólo por la presencia desestabilizadora de los conquistadores, de sus armas de fuego y de sus caballos, sino también por el precario equilibrio de la sociedad inca, debilitada por las luchas internas, y además por las epidemias de gripe o influenza, viruela y sarampión, que desde 1493 a 1525 habían diezmado a la población nativa en un 50% y en los sitios de mayor virulencia, hasta el 90%, lo cual facilitó enormemente la conquista española. Poco más tarde llegaron la fiebre amarilla, el tifus, la difteria o garrotillo, las paperas y la disentería. Más vidas siguieron cobrando la lepra, la fiebre tifoidea, el cólera, la fiebre bubónica o peste, la gonorrea, la sífilis y el paludismo o malaria. (Naranjo: NHE, Vol 3: 1990: 48-49).

Después de la conquista de las Antillas en 1500 y de México en 1519, Bartolomé Ruiz, en 1526 al surcar el Mar del Sur,  se encontró con una balsa manteña, primer contacto real e histórico con los habitantes del actual Ecuador; vino luego la conquista del Incario en 1532 a cargo de Francisco Pizarro, quien después de recorrer varias provincias costeras del actual Ecuador, se adentró hacia Cajamarca y tomó prisionero a Atahualpa quien fue ejecutado en 1533, pese a que entregó un fabuloso rescate.

Sebastián de Benalcázar sin permiso de Pizarro, emprendió la conquista de Quito, venció a Rumiñahui y en agosto de 1534 fundó provisionalmente Santiago de Quito en donde luego sería la antigua Riobamba. Diego de Almagro a nombre de Pizarro le autorizó la fundación definitiva y el 6 de diciembre de 1534 fundó la villa de San Francisco de Quito. Los conquistadores españoles en un plazo de tiempo relativamente corto fundaron numerosas ciudades:  Portoviejo en 1535; Pasto y Popayán en 1536; Guayaquil en 1537; Loja en 1546; Jaén en 1549; Zamora en 1550; Quijos en1552; Cuenca en 1557; Baeza en 1559; Sevilla del Oro en 1576; la Villa del Villar Don Pardo, conocida luego como Riobamba en 1580. La conquista militar continuó hasta mediados del siglo XVI pero la conquista socio-cultural tardaría más tiempo aún en consolidarse. Las fundaciones fueron inicialmente un acto ritual de conquista y posteriormente tuvieron vigencia real e institucional.

Se puede decir que el período colonial ecuatoriano se inicia con la fundación de San Francisco de Quito el 6 de diciembre de 1534, puesto que inmediatamente se asignan los solares, se establecen las instituciones, se nombran las autoridades, tanto de blancos como de indios; se delimitan los terrenos otorgados a las comunidades religiosas y la vida colonial va desarrollándose.

Las ciudades se trazaron siguiendo el patrón renacentista de "damero": ejes ortogonales con la plaza ubicada al centro, en sus cuatro costados las construcciones representativas del poder civil y religioso; el Quito, como en otras ciudades coloniales existe un eje civil entre la casa de la Gobernación o de la Audiencia, representante del poder real y el Cabildo Municipal, del poder ciudadano; que se cruza con otro eje sagrado entre la Catedral o iglesia principal, representante del poder de Dios y la casa del Obispo, representante del poder eclesiástico. En Quito, esta disposición con con ejes en cruz se repite en la ubicación geográfica de las iglesias de las cuatro primeras órdenes religiosas que se asentaron en la ciudad: mercedarios al noroeste, dominicos al sureste, agustinos al noreste y franciscanos al suroeste. No sabemos si esta distribución obedeció a un patrón preestablecido, pero al menos sirvió para bendecir los extremos de la ciudad y los caminos que salían de ella hacia los pueblos de "infieles".

Las ciudades costaneras pasaron por el constante asedio de piratas y corsarios, permanentes incendios destruyeron las construcciones. Las ciudades de la sierra sufrieron, en cambio, los rigores de la naturaleza, temblores y terremotos sucedieron con frecuencia, con las consiguientes pestes; sin embargo las ciudades se reconstruyeron, tanto por la fluidez económica como por el alto espíritu de sus moradores.

Para llevar adelante el proceso colonial, durante el siglo XVI, se crearon nuevas instituciones sociales. En el campo religioso se propendió a la evangelización de numerosos pueblos, mediante la conformación de Doctrinas y con el apoyo de las misiones en los pueblos selváticos.

En Quito se asentaron las primeras comunidades religiosas: franciscanos y mercedarios en 1534, el mismo año de la fundación de la ciudad; dominicos en1541; agustinos en1569; y jesuitas en1586. Es una época de grandes construcciones religiosas, el Convento Máximo de San Francisco se levanta a partir de 1573; la Iglesia Catedral  en 1563; el Monasterio de la Inmaculada Concepción   en 1577; el Convento de Santo Domingo en 1580; el Convento de San Agustín  en 1581; el Monasterio de Santa Catalina  en 1592 y el de Santa Clara en 1596. Como institución de reeducación femenina el obispo Fray Luis López de Solís fundó la "Casa de Santa Marta", conocida también como la Cárcel de Santa Marta.

Con la erección del Obispado de Quito en 1545, Quito adquiere pronto una mayor preeminencia religiosa que civil; en 1563, se estableció la Real Audiencia de Quito.

La educación ocupó un sitial preponderante en la capital de la Audiencia, se fundó tempranamente la primera escuela encomendada la instrucción a Juan Griego en 1547 y el colegio deSan Juan Evangelista  en 1549 que se convirtió en Colegio de San Andrés en 1555; el colegio dominico de San Pedro Mártir  en 1570. Bastante tempranamente se estableció en Quito la Universidad de San Fulgencio en 1586, poco más tarde, en 1594 el Colegio Seminario de San Luis.

Se genera una nueva economía y una intrincada organización política y administrativa. El Rey de España  es el señor absoluto de los territorios conquistados y su representante es el Virrey, quien rige cada uno de losVirreinatos.

La sociedad indígena se adaptó al nuevo sistema, los ayllus se modificaron, muchos de los indígenas se conviertieron en siervos asalariados de los españoles, los indios que permanecían en sus comunidades mantuvieron su sistema organizacional anterior.  Los que salían, se integraban al sistema económico español en condición de sirvientes o artesanos. Los españoles y criollos pobres, muchas veces se asimilaron a las comunidades indígenas integrándose al sistema cultural aborigen.

Los inmensos territorios se entregaron en encomiendas que sólo otorgaban señorío sobre los indios pero no propiedad sobre la tierra; los conquistadores se volvieron encomenderos y mineros y la Corona Española empezó a dictar leyes y ordenanzas que trataban de proteger a los indios como las "Leyes Nuevas"  dictadas en Burgos en 1542 que limitaron la encomienda a una vida, privándola de su carácter hereditario. Otra institución económica constituyó la mita y se asimiló la forma tradicional indígena del trabajo comunitario conocido como "minga".  En 1593, en Quito tuvo lugar la Revolución de las Alcabalas  primer movimiento popular de isubordinación y rechazo a las imposiciones colonialistas.

En 1596, se publicó el "Cedulario Indiano" que es una recopilación de la legislación real respecto a América; existía para entonces un ejército, un cuerpo de leyes, instituciones jurídicas y militares para aplicar su poder y el derecho de propiedad de la Corona Española sobre América. Recién entonces finaliza la etapa de la "Conquista", cediendo el paso a la "Colonia" (Saad: NHE, Vol. 3: 1990: 62-66).

En el siglo XVII, el sistema colonial funcionó en su máximo florecimiento. Fue época de estabilidad política, tranquilidad social, auge económico, pujanza intelectual y creatividad artística. Ya no se objetaba el poder del Rey y sus representantes quienes actuaban mediante leyes que legitimaban acciones, reglamentaban procedimientos, organizaban la explotación y delimitaban los privilegios. Todo estaba aparentemente bajo control.

En el campo educacional, a las escuelas y colegios ya existentes se añadieron la Universidad de San Gregorio fundada en 1622, el Colegio de San Fernando y la Universidad de Santo Tomás de Aquino en 1676. El alto nivel de estudios y de profesorado afirmó un poder intelectual que daría evidentes frutos en las generaciones siguientes.  Es sorprendente que antes de finalizado el siglo XVII, Quito contara con cuatro universidades, lo cual generó un nivel intelectual elevadísimo.

La economía de la Audiencia de Quito, tuvo en esta época un increíble auge gracias a la proliferación de los obrajes o fábricas de trabajo textil; la enorme producción de estas fábricas llenaron las necesidades textiles de América; se trabajaron bayetas, paños, jergas, alfombras, sayales, mantas, lienzos, etc., producidos como parte del tributo indígena a la Corona a través de los encomenderos. Los obrajes se organizaron desde el siglo anterior y se regularon según las Ordenanzas del Virrey Toledo  (1577) pero tuvieron su mayor apogeo a lo largo del S. XVII.

En el campo agrícola-ganadero, la actividad comunitaria indígena y posteriormente la hacienda fueron los centros de producción. En la región andina, fue importante la producción de la Fábrica de pólvora en Latacunga  que logró llenar las necesidades de toda la Audiencia. En la costa tuvo esplendor el Astillero de Guayaquil, el más grande de la costa del Pacífico donde se construyeron barcos de alto calado. En la costa se desarrolló la producción del cacao, para la elabortación del tan apreciable chocolate que de su ancestral origen mesoamericano, pasó a constituir una bebida apetecida en toda América y en Europa; en las zonas tropicales, subtropicales y algunos valles cálidos interandinos se desarrolló la agroindustria de la caña para la producción de azúcar y aguardiente.

Se continúan febrilmente con las construcciones religiosas, así la Recoleta de la Peña de Francia en 1600; la Recoleta de San Diego  se levanta en 1625; El Sagrario en 1630; la Iglesia de La Compañía de Jesús en 1636; la Iglesia de Guápulo en 1644; el Monasterio del Carmen de San José llamado Carmen Antiguo en 1653.

Al terminar el siglo XVII, la evangelización había cubierto todo el territorio de la Audiencia, e inclusive en las zonas selváticas de la Amazonía, las misiones  habían extiendido su influjo por toda la región amazónica. Los símbolos del cristianismo habían sido más transferibles que sus ideas teológicas, pero éstas últimas, gracias a la profundización académica en filosofía y teología, empezaron a ser más asimiladas y ello se manifiesta tanto en la literatura eclesial, como en el profundo nivel de la prédica e incluso en la obra artística no sólo religiosa sino teológica.  Es la época de Mariana de Jesús Paredes y Flores (1618-1645), quien más tarde sería declarada la primera santa ecuatoriana.

El auge económico del siglo XVII empezó a declinar con la crisis obrajera en la zona andina (1680) que se agudizaría más tarde con la crisis minera de Potosí (1710), cuyos efectos fueron desequilibrio industrial, estancamiento en el proceso urbanístico,  escasez de moneda circulante, entre otros.

El Siglo XVIII es una época de cambios administrativos, crisis económica y sublevaciones. La Ilustración, la libertad del barroco, la apertura política, marcan transformaciones en la cosmovisión criolla y mestiza.

Políticamente, el cambio de la monarquía de los Austrias por la de los Borbones (1700) y las Guerras de Sucesión, inciden en las colonias americanas, fundamentalmente por la implementación de las llamadas Reformas Borbónicas  que pretendían reconstruir el aparato estatal mediante cambios de control fiscal y recuperar el poder real.
 
América había llegado a un estado de semi-independencia donde el Rey manda teóricamente pero sus órdenes están mediatizadas por la oligarquía criolla que detentaba el poder; es ilustrativa una frase acuñada en la época que decía "El Rey manda, pero no gobierna", fruto de la agudización de la lucha entre criollos y chapetones o metropolitanos.

Hay crisis en la Audiencia de Quito, varias supresiones y reinstalaciones y cambios de su subordinación administrativa a los Virreinatos: del Perú (desde su creación), de Nueva Granada (1717), de Lima (1720), de Nueva Granada (1739), de Santa Fe (1740), de Lima (1790).

La estabilidad del sistema colonial se resquebraja y se suceden rebeliones, levantamientos y sublevaciones contra aduanas y estancos, contra cobranzas de tributos, por numeraciones de indios, por alza de alcabalas, etc., sin embargo las obras arquitectónicas continúan, como por ejemplo la reedificación interal del Convento de Nuestra Señora de la Merced en 1712 o el Monasterio del Carmen de la Asunción o Carmen Moderno en 1723.

Por razones de carácter político y económico y por celos de poder, se da la expulsión de los jesuitas por orden de Carlos III (1767); años más tarde el Papa Clemente XIV  disuelve la Orden (1772)

El comercio se intensificó en la segunda mitad del S. XVIII, fue una época mercantilista; los galeones españoles traían productos chinos, filipinos, coral del Mediterráneo, marfil de la India, etc.; sin embargo, existieron prohibiciones de comercialización de paños, aguardiente y otros productos americanos con el objetivo de abrir en las colonias el comercio de productos de Castilla, hasta nuestros días, sobre todo en el campo se sigue hablando de "arroz de Castilla", "mora de Castilla", "harina de Castilla", etc. Hay gran producción de hojalata y azogue o mercurio para los espejos y por un corto período se abre la fábrica de loza de Quito. Los objetos artísticos trabajados en la Audiencia de Quito había cobrado tan merecida fama por su calidad técnica y exquisitez estética, que se exportaron en gran cantidad hacia el resto de América y Europa.

Pese a la apertura ideológica del siglo XVIII, la mujer siguió recluída en el convento o en el hogar, incluso se estableció el Beaterio para el recogimiento de las mujeres, muy pocas tenían acceso a la educación formal en escuelas, la indígena estaba dedicada al servicio doméstico, las indias libres ejercían activa labor comercial y artesanal, las mestizas y criollas matizaban su actividad doméstica de control sobre la servidumbre, con el bordado, la música, la práctica religiosa, tenían muy escasa participación en la vida ciudadana, los casos encontrados de mujeres que manejaban haciendas, dirigían comercios o sobresalían en el arte son realmente escasos.

En Guayaquil, la ciudad continuaba siendo asediada, como en años anteriores, por las invasiones constantes de los piratas y los incendios.

La rigurosidad de estudios de filosofía y teología había elevado ya el nivel general de la población. La gran apertura académica universitaria se manifiestó en la acogida de las teorías eclécticas; la escuela sensualista italiana; la propuestas racionalistas; el abandono al aristotelismo; el estudio de escritos prohibidos por el Indice Romano como Heinecke, Grotius, Pufendorf, Erasmo, Rousseau, etc.; la discusión de las teorías de Descartes, Newton, Leibnitz, Galileo, Wolf, Lavoissier, etc.; la crítica al nivel obsoleto de la Universidad de Salamanca, en donde recién se adoptó una reforma académica en 1771, 40 años más tarde que la introducción de la Ilustración en las Universidades Quiteñas. El academicismo de las universidades de los dominicos, franciscanos, agustinos y principalmente jesuitas no sólo llegó a la élite criolla sino a mestizos e incluso a indios caciques. La independencia intelectual quiteña, de aspecto pedagógico, es la verdadera independencia americana, que precede en 70 años a la independencia militar y política. (Keeding: 1983)

En 1755 se instaló la primera Imprenta de Ambato bajo la dirección del jesuita Juan Adán Schwartz; el acceso inmediato a publicaciones editadas en la propia Audiencia  y la apertura intelectual fruto de la Ilustración, entre otras causas, prepararon el camino a nuevas influencias transformadoras en la segunda mitad del S. XVIII, como la Declaración de los Derechos del Hombre en Philadelphia (1774), la Independencia de los Estados Unidos (1776), la rebelión peruana de Túpac Amaru (1780), la Revolución Francesa (1789), la abolición de la Monarquía Francesa e instauración de la República (1792).

Se realizaron importantes actividades científicas, tal vez incentivadas por la apertura intelectual quiteña: los trabajos de la Misión Geodésica Francesa  (1736-44); Dionisio de Alcedo publicó sus estudios históricos (1740); Pedro Vicente Maldonado fue nombrado Miembro de la Academia de Ciencias de París (1747); Samuel Fritz realizó el mapa incorporando los descubrimientos geográficos de la amazonía (1750); Juan Pío Montúfar publicó su "Descripción Geográfica, Política y Económica" (1754); Celestino Mutis organizó una misión científica para el estudio de la flora de Bogotá y contrató a artistas quiteños como ilustradores (1783-87); Eugenio de Santa Cruz y Espejo realizó investigaciones médicas y publicó sus Reflexiones sobre la Viruela (1785); Alejandro Malaspina  dirigió una misión de zoólogos y botánicos (1790), etc.

Los últimos años del S. XVIII y primeros del XIX, son una verdadera etapa de transición del sistema colonial al sistema republicano que se caracterizó por una serie de movimientos independentistas y de abierta confrontación; en 1789 se fundó la Sociedad Patriótica "Escuela de la Concordia" donde germinaban ya las ideas de independencia; así, en 1795 aparecieron en las cruces de las iglesias quiteñas una serie de banderitas de tafetán colorado con la inscripción "Salva Cruce / Liber-esto, Felicitatem et Gloriam Consequto" (Por la Cruz seremos libres, conseguiremos felicidad y gloria), primeros indicios del movimiento libertario liderado por Eugenio Espejo (Enríquez: T. II, 2º parte: 1942: 105) y  que darían sus frutos en el Primer Grito de la Independencia del 10 de agosto de 1809, año en que algunos historiadores consideran que es el fin de la época colonial, sin embargo, este primer movimiento de insurrección fue sofocado, apresados y asesinados sus principales líderes en agosto de 1810 con lo que las autoridades españolas recuperaron el poder, hasta la independencia definitiva sellada con la Batalla de Pichincha el 24 de mayo de 1822  por lo que otros historiadores estiman que es más prudente alargar el período colonial hasta 1822 en que se logra la capitulación de la última autoridad española local y se sella definitivamente la independencia quiteña. De 1822 a 1830 es un corto período del Ecuador independiente pero anexado a la Gran Colombia como Departamento del Sur y desde el 13 de mayo de 1830 separado de la Gran Colombia, el país sigue su devenir histórico como República independiente. (Labor: 1971: T. 5: 551- 555)

Hay autores que enmarcan el período colonial entre 1563 y 1820, (Espinosa: 1998: 5), es decir entre la creación de la Real Audiencia de Quito y las declaratorias de emancipación de Esmeraldas, Guayaquil, Sanborondón, Babahoyo, Daule, Baba, Jipijapa, Naranjal, Cuenca, Guaranda, Machachi, Latacunga, Riobamba, Ambato, Alausí, Loja, Tulcán, y Zaruma.