A partir de 1938, el Banco Central del Ecuador empezó a salvaguardar los bienes culturales que llegaban a sus bóvedas, sea en metalurgia precolombina o en monedas coloniales, evitando su conversión en lingotes de oro para la reserva monetaria.

Con la visión humanista, del Gerente General de ese entonces, señor Guillermo Pérez Chiriboga y el empuje del joven arquitecto Hernán Crespo Toral,  se reflexionó sobre la importancia de la salvaguarda cultural como una misión trascendente para la nación ecuatoriana, con el mismo ahínco con que se conservaba la reserva de oro que respaldaba económica y monetariamente al país.

La colección arqueológica perteneciente a Max Konanz, ciudadano suizo que durante 30 años de transitó por territorio ecuatoriano, fue adquirida por la Institución, convirtiéndose en el núcleo inicial del futuro Museo. En una casa ubicada en la calle García Moreno y Sucre, en Quito, estos tesoros ancestrales fueron organizados, dándose con esto  inicio a la conformación científica de las colecciones arqueológicas, artísticas y numismáticas, las que una vez sistematizadas, investigadas, clasificadas e incrementadas, después de 10 años de gestación, el 1º de diciembre de 1969, en los 5º y 6º pisos del nuevo edificio del Banco Central en la Av. 10 de Agosto y Briceño, se abrió al público el "Museo Arqueológico y Galerías de Arte del Banco Central del Ecuador", que se conocería luego bajo el honroso nombre de "Guillermo Pérez Chiriboga".

La idea impulsora de los gestores del Museo fue procurar que el Ecuador tuviera asideros fundamentales, pruebas tangibles y testimonios reales en los cuales afincar y consolidar un concepto de nación.  Así se fue generando  no solo un Museo, sino sobre todo un principio: que la cultura debe estar en el centro del desarrollo del país,  iniciativa que más tarde fue desarrollada por la UNESCO y conocida como "la dimensión cultural del desarrollo".

A lo largo de los años, el Museo se convirtió en la Institución pionera en la salvaguarda del patrimonio cultural de la nación, abriendo su gestión hacia la difusión museológica de sus acervos, con énfasis en la didáctica a estudiantes y propiciando la fundación de numerosos museos de sitio en las distintas regiones del Ecuador. Expandió su campo de acción a la promoción de su patrimonio en el exterior, logrando que el país sea conocido y respetado culturalmente más allá de sus fronteras. Con el fin de preservar adecuadamente sus colecciones destinó recursos suficientes para la restauración de sus colecciones patrimoniales con talleres especializados en cerámica, piedra, metales, madera, papel, textiles, pintura de caballete y pintura mural. Asumió con responsabilidad la salvaguarda del patrimonio del país e incursionó exitosamente en la restauración de monumentos arqueológicos y coloniales; en la investigación antropológica, etnográfica, etnohistórica y artística.

En 1992, con el propósito de brindar al público espacios más amplios de exposición, las autoridades del Banco Central del Ecuador resolvieron trasladar sus instalaciones hacia un nuevo y amplio local en el edificio de la "Casa de la Cultura Ecuatoriana", en la Av. Patria entre 6 de Diciembre y 12 de Octubre, manteniendo sus reservas y oficinas administrativas en el Edificio Aranjuez, situado en las calles Reina Victoria y Jorge Washington.  El Archivo Histórico, la Musicoteca se ubicaron en los edificios del Antiguo Banco Central, en el Centro Histórico. Para entonces, el Museo cubría con sus colecciones el amplio espectro de la cultura del país tanto cronológica como espacialmente por lo cual se lo empezó a llamar "Museo Nacional del Banco Central del Ecuador".

En Guayaquil, sede de la Sucursal Mayor del Banco Central del Ecuador, el Museo mantuvo salas abiertas de arqueología y arte contemporáneo, en el edificio situado en la Antepara y 9 de Octubre. Actualmente, se realizan exposiciones temporales, mientras concluyan las adecuaciones arquitectónicas y museológicas de sus nuevos locales en el Malecón 2.000. La institución recibió en comodato el célebre "Archivo Histórico del Guayas" desarrollado por un ilustre guayaquileño Julio Estrada Icaza.  En la actualidad este repositorio es administrado porla fundación creada con este propósito por el Municipio de Guayaquil, pero patrocinado por el Banco Central.  Igualmente se dispone de una biblioteca de consulta estudiantil.

En Cuenca, el Museo cuenta con edificio situado en la Calle Larga, en el histórico lugar conocido como  Pumapungo; existen salas de arte colonial y republicano así como de etnografía y un interesante fondo bibliográfico documental.

En el campo arqueológico, los Museos del Banco Central del Ecuador han cumplido un papel primordial en el rescate del patrimonio ilícitamente excavado y en riesgo de ser sacado fuera del país. Cuenta con una existencia actual y nacional de 39.149 piezas arqueológicas en cerámica, piedra, hueso, madera, textiles, metales, piedras preciosas y semipreciosas, etc., lo cual ha servido para crear una auténtica conciencia sobre nuestras raíces culturales aborígenes.

Las colecciones numismáticas, constituyen una selecta  síntesis de la historia monetaria del país, con una existencia de 13.000 piezas numismáticas y notafílicas, las mismas que están expuestas en el moderno Museo Numismático instalado en el antiguo edificio del Banco Central del Ecuador en la Calle García Moreno de la ciudad de Quito.

Desde 1965, inició la conformación de las colecciones artísticas, recuperando de científicos y coleccionistas privados, como Luis Felipe Borja, Luis Cordero Dávila, Wilhem Baum, Víctor Mena Caamaño y otros, las más asombrosas obras de arte colonial y republicano, con una existencia de 5.261 obras de escultura, pintura, grabados, muebles, textiles, orfebrería y joyería, porcelana, cristales y más artes decorativas coloniales y republicanas, todo lo cual ha afirmado nuestra identidad mestiza, fruto incomparable del sincretismo europeo-americano.

Paralelamente, se organizaron colecciones artísticas modernas y contemporáneas, al propiciar la adquisición de la producción más selecta de los artistas plásticos ecuatorianos, con alrededor de 800 obras de escultura, pintura, dibujo, grabado, fotografía, etc., lo cual permite visualizar la permanente dinamia del creador nacional, para lo cual organizó durante tres años consecutivos el Concurso Nacional de Artes Plásticas (1977, 78 y 79), que ayudó a la promoción y conocimiento de nuevos valores plásticos; la colección incluye algunas muestras de arte internacional, destacándose la gran muestra donada por el maestro Estuardo Maldonado.

Desde 1976 se inició la conformación de las colecciones etnográficas, apoyando la investigación antropológica sobre las comunidades aborígenes de las diversas etnias ecuatorianas, con cerca de 300 objetos de uso cotidiano, festivo-ceremonial, mágico-religioso, lúdico, laboral, funerario, etc., todo lo cual ha permitido una valorización de los grupos sociales del país, permanentes custodios de las más ancestrales tradiciones y que afianzan en el Ecuador su mayor riqueza pluriétnica y multicultural. Para difundir este patrimonio, la Institución, en calidad de comodato, entregó al Consejo Provincial de Pichincha, las colecciones y el montaje museológico del Museo Etnográfico de la Mitad del Mundo. Hoy cuenta con el "Museo Etnográfico", en la ciudad de Cuenca.

Así, el Banco Central del Ecuador, a través de sus Museos, ha logrado a lo largo de cuarenta y cuatro años de existencia (1959-2003), reunir en su matriz en Quito, los siguientes bienes: Arte, especialmente Colonial; Decimonónico, Moderno y Contemporáneo, 7.500, bienes; Arqueología 40.000 y Numismática 145.000 bienes entre monedas y billetes;  en Cuenca, Arte Colonial, especialmente Decimonónico,  Moderno, y Contemporáneo: 2.090; Arqueología: 9.899, Etnografía 8.500, y Numismática 327; en Guayaquil, Arte Colonial, Moderno y especialmente contemporáneo, 1.431; Arqueología: 56.000 bienes. Estos, constituyen la mejor y más numerosa colección del país, técnicamente inventariada y conservada en sus reservas; prolijamente investigada; científica y estéticamente expuesta en sus salas permanentes y temporales; metodológicamente difundida para conocimiento y disfrute nacional e internacional.

El Museo Virtual del Banco Central responde a nuevas propuestas en el análisis del Arte Colonial, Republicano y Contemporáneo, así como a una periodización y regionalización nuevas y coherentes para la explicación de la arqueología y etnografía.

Se ha hecho una cuidadosa selección de piezas representativas de cada especialidad, de modo que el usuario de este “portal cultural” del Banco Central del Ecuador, sea éste un estudiante, un ciudadano preocupado por lo cultural o un experto en busca de información especializada, puedan encontrar en estas páginas la información suficiente para llenar sus expectativas y necesidades.

Cada componente seleccionado cuenta con datos, debidamente contextualizados para que se pueda mirar el objeto, recibir la información básica, remitirse a textos completos que describen la pieza en sus más específicos detalles y también entrar al desarrollo del guión siguiendo el discurrir de los especialistas. Estas opciones son, en cierto modo,  más completas que las que usualmente un Museo ofrece a sus visitantes, de modo que nuestros usuarios dispondrán de las oportunidades de obtener  placer estético de la observación de las piezas seleccionadas, estudiarlas al nivel de sus necesidades y entablar, en una forma interactiva, un fructífero diálogo con los autores del portal.